元朝至元十四年（公元1277年）高僧普善大师本着弘扬佛法，拯救苍生之信念，抵达应山欲重修宝林寺。在宝林寺遗址搭建两间草棚开始为信众讲经辩法，弘扬佛法。
元朝至元十五年（公元1278年）损庵洪益（十五岁）在宝林寺，祝发，出家。跟随普善大师学习佛法。后损庵大师游学四方，前往嵩山法王寺、嵩山少林寺等寺庙求学，参大法王寺复庵原照为师。后至（邢台）大开元寺白云【 】公。识其根器非常，授以心印。是大开元一宗嗣法“洪”字辈传人。
元朝至元十六年（公元1279年）普善大师四处化缘、募捐筹得善缘，得以重修宝林寺，历经两年，宝林寺落成。普善大师即成为新建宝林寺第一代方丈。
元朝大德三年（公元1299年）损庵洪益大师从大开元寺回到应山宝林寺任方丈8年。
元朝延佑元年（公元1314年）天子召见普善大师，付与普善大师“仁慈广福大师”称号
元泰定四年（公元1327）年日本高僧邵元西渡中国学习佛法，先拜少林寺息庵禅师，后珍宝林寺学习佛法三年。邵元大师于公元1347年返回日本。
元朝元统元年（公元1333年）无念大师（九岁）在宝林寺，祝发，出家。
元朝元统二年（公元1334年）损庵禅师辞客岁夜开元寺方丈，先在大开元寺西堂院自怡，后返回应山宝林寺。
元朝元统六年（公元1340年）初少林寺方丈息庵禅师圆寂。在少林寺派人多次力邀后，损庵大师于当年七月前往少林寺接任少林方丈之职。
元朝元统六年（公元1340年）12月19日损庵禅师圆寂于嵩山少林寺，少林寺建佛塔存其舍利，抓发、衣冠转存应山印台山和宝林寺存放。
元朝至正五年（公元1345年）朱元璋（十七岁）因家境贫寒父母相继去世，家中难以为继，其兄长无法照料其生活。遂入安徽凤阳皇觉寺，祝发，出家。在皇觉寺出家五十天后，因民间困苦，皇觉寺难以坚持，无法容留过多僧人，遂离开皇觉寺，四处乞讨为生。
元朝至正五年（公元1345年）朱元璋离开皇觉寺沿路乞讨，途经安徽凤阳、安徽六安、河南信阳，至应山陈家冲被好心人收留，期间曾到马家湾马员外家放牛（朱元璋出家前曾为地主家放过牛），后到宝林寺寺连续出家。
元朝至正十一年（公元1351年）徐寿辉志平元年，天下大乱各路叛逆师纷纭起兵抗元。陈友谅投靠徐寿辉部。
元朝至正十一年（公元1351年）宝林寺被陈友谅所带兵马损毁。朱元璋带领乐意跟随他的武僧离开宝林寺。面对破败的宝林寺，无念大师立志一定要匡复宝林寺。无念禅师云游四方，后在苏州万峰寺拜时蔚禅师学习佛法。继续了时蔚禅师衣钵的无念大师后来成为万峰寺高僧。
元朝至正二十八年（公元1368年）明洪武元年，无念大师重回应山宝林寺。因他声名远播，又是本地人，不仅僧徒归依，而且很多人施舍财物。无念禅师再次重修宝林寺。历经三、四年往后规复到以前规模。无念成为宝林寺方丈。
明洪武十六年（公元1383年）楚王朱桢在武汉万寿寺为孝慈高皇后（马皇后）举行普渡大会。调集僧侣近千人，个中就有无念禅师。事毕后，楚王见无念禅师长相极像罗汉真身，谈吐非凡且佛法博识，特意在武昌九峰山建筑了九峰寺，并请无念禅师为九峰寺方丈。
明洪武二十七年（公元1394年）无念禅师的名声被灵通侯上奏给朱元璋。朱元璋当即遣内臣前往宝林寺召见无念禅师。当无念禅师抵达京城，两人相见便都知是故人，喜悦之情自不必说。朱元璋对无念禅师极为礼遇，特设榻就坐，命以国师。本想留无念禅师在京城，但无念禅师力辞圣恩。朱元璋专门为无念禅师御制谕文，并题诗相送，同时赐大量法器。拨专款整修宝林寺，赐名“正觉寺”成为明朝皇家寺庙（明朝洪武年间皇家寺庙有两座：凤阳皇觉寺，应山正觉寺）
明洪武二十九年（公元1396年）朱元璋再遣内臣赠予无念禅师诗文及法器。明嘉靖十九年应隐士颜木编撰的《应山县志》中有记载。明洪武一朝受此圣恩的僧人仅无念禅师一人。
明朝正德七年（公元1512年）寿王携王妃徐氏来宝林寺进喷鼻香，徐妃不幸病逝，葬于现宝林中学以北二里旁边，后来守坟兵丁住的地方就叫王坟塆（现宝林中学以北900米的山坡上）
清朝期间保留明朝规制，未涌现大规模的破坏。
侵华日军盘踞应山期间，因日本高僧邵元大师曾在此修行，日军未敢唐突。
1950年十里河风林乡土改事情队将寺内数十口大肚钟全部砸毁，当废铁回收。
1952年应山土改事情队把宝林寺作为破四旧的范例。大量的碑刻，寺藏被毁，被点火的经书多大数十万册。大火烧了五天五夜。
1958年县政府决定在此隔部分房屋，设立第五中学。市价“大办钢铁”，寺内僧人被全部赶走，里面的铁制用具被大量投入炼钢炉。木制用具被当做炼钢的燃料，千年古树也未能幸免。听说当年武僧练功的铁菱角被投入炉中炼了几天几夜仍旧无缺无损，只好被摈弃在荒场上。之后宝林寺无人扼守，空下来的大殿成了附近居民对放杂物的的地方。
上世纪六十年代，宝林寺有一次遭到毁坏，里面的菩萨造像被全部推倒。朱元璋及无念的画像连同铁菱角移交应山县博物馆，后不知其着落，最近又传说文物在广水市博物馆库房存放（不知是真是假）
1974年大雄宝殿被拆，拆除的建材培植了现在的宝林中学。
八十年代仅存的西僧房也被拆除。至此宝林寺原有建筑已经荡然无存，仅剩下千年古银杏和三十八棵古柏。
改革开放往后，宝林寺遗址开始有人在此祈福，焚喷鼻香，导致树木严重受损，千年古木被人为破坏，直至干枯致去世。
目前手里的资料还是不敷以完成宝林寺编年史，元朝和宋朝的《应山县志》没有面世，大概根本就没有编纂过。因此资料实在是有限。敬请包涵，如有新的资料，我会后续再跟新。其余，我会再编写宝林寺三高僧的记录，后续发布。
参考书目：
《应山县志》明嘉靖十九年版、清康熙版、清同治版
《名震中华的宝林寺三高僧》胡艳涛
《末了的宝林寺》陈渝明
邢台大开元寺有关损庵大师的记录
佛教导航关于无念大师的记录
