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CLIP实验方法及检测申报模板

苏州金螳螂建筑装饰股份通讯 2025-04-04 0

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2实验材料

紧张试剂

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紧张仪器及器材

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(图片来自网络侵删)

3蛋白与RNA信息

蛋白信息

蛋白:AGO2

抗体:AGO2 抗体

RNA: TP53

4实验方法

磁珠准备:

1) 取30ul Protein A/G磁珠到1.5ml离心管;于磁力架上静置1min,去上清;并用500ul洗涤液洗涤3遍。

2) 用100ul 裂解液重悬磁珠,分别加入10ug目的抗体或IgG;4℃反转孵育2h;

3) 于磁力架上静置1min,去上清;用500ul洗涤液洗涤3遍。

样本处理:

1) 吸除培养基,并用 5 mL/板预冷的 1×PBS洗一次,吸掉PBS;

2) 将细胞放在冰上,置于365nm紫外灯下进行交联,交联韶光 10 min;

3) 网络细胞到1.5ml的离心管子,去上清;

4) 用3倍体积的裂解液裂解细胞(利用前加入蛋白酶抑制剂及终浓度1 mM DTT),冰上放置10min;

5) 4℃ 10000×g离心15min,转移上清到新的1.5ml离心管中;

6) 加入RNase T1 stock 至终浓度1 U/μL;并于22℃孵育10min;

7) 用500ul细胞裂解液重悬抗体-磁珠稠浊物;并4℃翻转孵育3h;

8) 用1mL洗涤液洗涤5遍。

9) 用100ul悬浮磁珠,并加入20U的RNase-free DNase I;于37℃孵育15min;

10) 加入900ul的裂解液,奏乐混匀后置于磁力架上静置3min,然后去上清;

11) 用80ul的裂解液重悬磁珠;

蛋白消化与 RNA 提取

1) Input组补充裂解液至80ul加入8 μL Proteinase K,IP 组加入8 μLProteinase K;

55℃消化 15 min;

2) 向消化后的溶液加入 1 mL Trizol,用力摇匀 15 s 后,加入200 μL 氯仿,再次用力摇匀15 s 后,冰上放置 2 min;

3) 4℃、12000 g 离心 15 min;

4) 转移上清至新的 2 mL 无酶管中,加入等体积的异丙醇及6ug糖原,-80℃过夜沉淀;

5) 4℃、12000 g 离心 10 min;

6) 弃上清,加入 1 mL 75%乙醇(无酶水配制),洗涤沉淀一次;

7) 4℃、8000 g 离心5 min;

8) 小心弃上清,室温晾干 10 min,将乙醇全部挥发;加入 20 μL ddH2O(RNase DNase free),溶解 RNA,-80℃保存备用。

RNA反转录

1)按照下列组分配制RT反应液(反应液制备请在冰上进行)。
为了担保反应液配制的准确性,减少分装造成的偏差,应按照比实际用量稍大的体积配制反应液,末了加入RNA样品。

2)按如下程序进行反转录:

37℃,15min;85℃,5sec;-20℃保存备用!

3)定量PCR检测

将Mix在4℃下融解,柔柔地高下颠倒混匀并进行短暂离心;冰上配制下表中的反应液

4)将反应管进行短暂离心,确保所有反应液在反应孔底部。

5)采取三步法程序进行反应:

5实验结果(详细剖析结果及引物序列见excel:CLIP 检测结果)

a. 抗体验证结果:

a. 柱状图及PCR产物电泳图

4、项目内容

广州准期生物技能有限公司成立于2016年,始终以探索科学、做事客户为己任;致力于为高校、科研院所、医院、制药企业供应全面、便捷、专业的技能做事和产品
技能方面我们专注于生物医学领域:公司拥有完善的技能做事平台,覆盖分子生物学,转录组学、代谢组学、蛋白组学,表不雅观遗传等多个科研平台。
在产品方面,自主研究多种类型科研试剂盒20多项,如:COIP、CHIP、RIP等科研检测试剂盒,较之同类型的进口试剂盒,极大的降落了科研本钱。

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